隐匿阴茎本身不会对男性造成太大的危害，最主要的危害可能是影响男性的自信心。由于患者的阴茎在不勃起时，大部分都隐藏在皮下脂肪内，外露的阴茎比较短，所以患者可能自觉阴茎短小，从而没有自信心。

此外，部分隐匿阴茎会合并包茎，如果没有及时清洗，或者难以翻开龟头，就可能引起包皮龟头炎，严重时还可能引起感染，从而导致包皮口出现红肿、异常分泌物等表现。