肾盂输尿管连接部梗阻应该做以下检查：

1、通过B超、核磁、CT等影像学检查，可以判断病因、肾积水的严重程度。

2、通过肾动态、利尿肾图（利尿肾动态）等核素检查，了解患者两侧的肾脏功能，判断是否有梗阻等情况出现。

3、对于病情复杂、上述检查难以明确的患者，可以进行逆行造影等有创检查。医生使用导管将造影剂注入肾盂、输尿管内，显示肾盂和输尿管连接部的情况。

一般年轻单侧肾积水患者就医后，如怀疑为肾盂输尿管连接部狭窄或肾盂输尿管连接部梗阻，医生就会选择上述检查，具体的检查项目还请以医嘱为准。