绝大部分肛门指检是不痛的，患者一般都能够忍受。只有少数情况下会比较痛，例如肛裂、肛管癌、肛管直肠周围脓肿、肛门直肠狭窄，血栓性外痔等，这类患者，如果直接做肛门指诊可能会出现明显疼痛。

因此，在做肛门检查时，医生一般首先进行肛门视诊，查看肛门周围有无出血、裂口、脓液、粪便、黏液、肿块及瘘管外口等，先初步判断病变性质。比如肛裂患者，视诊时就可以看到肛门处有裂口，此时临床一般不建议做肛门指检。

如果患者肛门病变明显，必须做肛门指诊，但直接做指检可能导致明显疼痛时，医生一般会建议在麻醉状态下进行肛门指检。所以患者不必过分担心。