无痛肠镜和普通肠镜最大的区别，就是进行普通肠镜检查时，患者能感觉到疼痛，而进行无痛肠镜检查时，患者感觉不到疼痛。因为无痛肠镜是在麻醉下进行，而普通肠镜是在患者清醒的状态下进行。此外，无痛肠镜检查对操作者的要求更高，因为患者在检查中感觉不到痛苦，一旦操作不当，肠镜可能穿破肠壁，进入患者的腹腔，此时医生会通过肠镜看到患者的肝脏、脾。
在进行无痛肠镜检查时，医生不能与患者交流做肠镜的目的，当医生没有发现肠道病变时，也不能追问患者的病史。虽然普通肠镜比较痛苦，但是可以避免无痛肠镜的缺点，特别是肠穿孔的发生率，可能相对较低。在进行普通肠镜检查时，医生还会与患者进行充分的交流，如下一步的治疗方案、是否达到肠镜检查的目的等。
因此，临床上会根据患者的意向、病情来选择无痛肠镜还是普通肠镜，不要认为有了无痛肠镜，普通肠镜就一文不值，也不能因为无痛肠镜存在并发症，而不去选用无痛肠镜。
