胎儿畸形的发生主要与以下两种因素有关：

1、遗传：胎儿畸形绝大多数为先天性遗传病，包括染色体病、单基因病、多基因病等。

2、环境：胚胎期（怀孕5~10周）是胎儿各器官分化的敏感时期，如果此时母体接触了射线、辐射等物理性因素，药物、染发剂等化学性因素，那么可能导致胎儿畸形。此外，母体内的一些物质缺乏也可能造成胎儿畸形，比如叶酸缺乏可能导致神经管畸形、先天性心脏病。

所以，孕检一旦发现胎儿畸形，孕妇应在医生的指导下通过病史、相关检查确定原因，有助于指导下一次妊娠。