灰指甲可以根据患者的临床表现以及真菌学检查、组织病理检查及PCR（聚合酶链反应技术）的结果进行诊断。
一、灰指甲主要表现为手指甲或脚趾甲出现颜色改变、变厚或变形、质地异常等，近期有手癣或足癣病史更要怀疑灰指甲。
二、真菌学检查包括真菌镜检和真菌培养：
- 1、真菌镜检是最简便、最经济的检查方法，刮取甲板或甲下碎屑，制成玻片后再显微镜下观察，发现真菌成分后可以确诊灰指甲；
- 2、真菌培养对确定致病菌种类、筛选敏感抗真菌药物，均具有明显价值。
三、甲的组织病理学检查对于灰指甲与其他甲病的鉴别诊断有重要意义。
四、PCR（聚合酶链反应技术）是一种分子检测手段，可以快速鉴定病原体。
另外，灰指甲需要与银屑病、扁平苔藓、手部湿疹等疾病相鉴别。
