儿童运动性癫痫的病因主要分为六大类，分别是遗传性因素、结构性因素、代谢性因素、感染性因素、免疫性因素以及未明确的因素。儿童运动性癫痫的患儿，可能会同时存在上述的数个因素。

以儿童良性癫痫伴中央-颞区棘波为例，患儿常有口咽部动作、面部抽动、肢体抽动、流涎等症状，典型表现是运动性发作表现，病因主要与基因突变等遗传因素有关。而运动区、中央区病变等脑结构异常，也可能导致运动型癫痫，引起肢体肌痉挛、强直等症状。