目前认为，青少年肌阵挛性癫痫的病因以遗传因素为主，患者可能存在基因或染色体的异常。应注意，除了青少年肌阵挛性癫痫外，很多其他的疾病也可能引起癫痫发作，有些治疗效果、预后较好，有些则可能引起不良预后，需要引起重视。

以进行性肌阵挛性癫痫为例，其病因复杂，包括胼胝体病、溶酶体病等，且容易与青少年肌阵挛性癫痫混淆。青少年肌阵挛性癫痫治疗效果好，药物治疗后可很快达到无发作状态，患者认知等预后较好；而进行性肌阵挛性癫痫治疗效果差，可能出现认知障碍、视力进行性下降、肝脾肿大等表现。建议出现这些表现的人群及时就医，明确病因、病情，进行针对性治疗，以免误诊、延误病情。