电子肛门镜一般为几元至200元一次，具体与就诊医院级别、肛门镜种类有关。
如果普通肛门镜检查使用一次性塑料的肛门镜，那么由于成本低，所以再加上检查费用只需要10元左右。电子肛门镜、电子直肠镜或电子乙状结肠镜按照北京的医保收费标准一般为150~200元左右，包括肛门镜、直肠镜的材料费。而由于为了观察更清晰，所以检查前需要进行肠道准备，需要清洁肠道药物的费用。如果还需要进行活检或一些治疗，那么可能需要再增加相关的费用。
所以，电子肛门镜的检查费用不是固定不变的，因检查医院、检查要求以及目的不同而有所差异。