肛管癌的病因尚未完全清楚，可能与以下因素有关：

1、环境因素：可能和高脂肪、高蛋白、低纤维素饮食习惯有关，或者经常暴露在放射性环境下。

2、遗传因素：肛管癌和所有肿瘤一样，可能由基因变化引起。相对来说，有肛管癌家族史的患者，肛管癌发病率要高一些。

3、肛周疾病刺激：肛门周围慢性疾病，如肛瘘、湿疣、或者免疫性疾患，由于长期刺激，可能会有癌变倾向，发生肛管癌。