高位肛瘘的最主要症状是肛门肿胀、疼痛、流脓反复发作。如果是结核性肛瘘，还可伴有结核的一般症状，如两颊潮红、低热、口干、口苦等。
瘘管中有脓肿形成时，患者可感到明显疼痛，且在肛门周围可以摸到肿块。脓液破溃流出后，肿胀、疼痛可能会减轻或消失。一段时间后，破溃口闭塞，肛门周围又会出现肿胀、疼痛。反复发作是高位肛瘘发病特点。由于分泌物的刺激，肛门周围会出现潮湿、瘙痒等症状。长期肿痛、流脓，患者可能会出现形体消瘦、精神萎靡等全身症状。如果是结核性肛瘘，还可能伴有结核的一般症状，如两颊潮红、低热、口干、口苦等。