做肠镜对肠道没有过多伤害。由于肠镜是细长可弯曲的医学仪器，且在肠镜检查的过程中，肠镜上还会涂抹有润滑油，所以肠镜检查不会对人的肠道产生较大的摩擦。部分肠镜检查可能会使肠道黏膜发生擦伤，但是，此种擦伤很快就会自行修复。此外，肠镜检查后，也不容易发生感染等并发症。
临床上，如果肠镜医生操作不熟练，特别是在做无痛肠镜时，由于患者没有疼痛的感觉，所以肠镜可能会穿过肠道，进入腹腔。如果穿孔较小，可能不易在检查中被发现，患者可能在检查后出现腹痛、高热、血象升高等情况。需要注意的是，肠镜检查导致的肠道穿孔发生率较低。总体来说，肠镜检查对肠道没有太大伤害，患者不用过度担心。
