自然流产的原因主要包括胚胎自身原因、母体存在严重疾患、孕妇生殖系统发生异常等。不同时期的原因可有所不同。

1、如果为8周以前的早期流产，常与胚胎本身存在染色体或基因的微缺失、微重复有关。另外，若母体存在糖尿病或抗磷脂抗体综合征等自身免疫性疾病等一些严重疾患，均可影响胚胎发育，导致自然流产的发生。

2、如果属于晚期的自然流产，则可能与宫颈本身发育异常、宫腔内感染等有一定的关系。

故自然流产发生后，应注意检查流出的胚胎，进行染色体和基因分析。如果属于妊娠中晚期的流产，还要注意检测是否存在宫内感染、宫颈机能方面的问题等。