咪喹莫特乳膏能在局部产生免疫调节和间接抗病毒作用，可治疗成人外生殖器和肛周尖锐湿疣。尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的常见性传播疾病，可表现为生殖器周围的丘疹、角化性斑块、乳头样或菜花样赘生物等，经咪喹莫特乳膏治疗，恢复效果较好，且复发率较低。
此外，对于尿道内、阴道内、宫颈部、直肠或肛管内的HPV感染，或者说阴道尖锐湿疣、肛内尖锐湿疣、尿道尖锐湿疣和宫颈尖锐湿疣等，则不适合用咪喹莫特乳膏治疗。
咪喹莫特乳膏属于局部外用药，用药前患者需清洗双手，然后取适量药膏均匀涂抹在疣患处，轻轻按摩直至药物完全吸收，无需封包患处，也不要用敷料封包。对于没有行包皮环切术的男性患者，如果疣患发生在包皮内，则需每天将包皮上翻清洁、用药。
通常需药物停留在疣患处6-10小时以发挥作用，所以患者在涂药6-10小时内，应避免洗澡，待足够时间后。再用清水和中性皂将药物从疣患处洗掉。如果涂药后发生了局部皮肤不适，如红斑、糜烂、脱皮、水肿，也要及时清洗掉局部乳膏，在皮损恢复前不要再继续用药，必要时就医。