巧克力囊肿可以通过医生问诊、体格检查、超声检查、血清CA125测定等检查出来。

1、医生问诊：医生会详细询问病史，如痛经开始时间及持续时间、痛经严重程度等。

2、体格检查：医生会进行相应的妇科检查，巧克力囊肿较大时，妇科检查可以摸到与子宫粘连的肿块或触痛性结节。

3、超声检查：包括经阴道超声和经腹部超声，发现卵巢囊肿内部充满点状强回声，往往提示巧克力囊肿。

4、血清CA125测定：可能会轻度升高，一般不超过200IU/L。

通过以上检查，基本可以诊断巧克力囊肿。