基底细胞癌主要进行手术治疗，部分还可根据病情等进行放疗、靶向治疗等。
1、绝大多数的病例都依赖于手术治疗。本病多发生在头面部位，皮损可缓慢增大、侵袭较深，但由于很少发生转移可有边界。若手术能够将病灶切净，则可有效控制病情，甚至实现临床治愈。莫氏（Mohs）显微描记手术是皮肤科专门针对基底细胞癌的一种术式，是目前国际公认的一个治疗金标准。一方面可保证肿瘤能够被切净，提高治愈率；另一方面尽可能保留正常组织，有助于恢复美观、功能。
2、部分可采取扩大切除的方式，甚至放疗。
3、部分真正发生转移或难治性的病例，目前可用一些靶向药物治疗。如针对Hedgehog通路的靶向治疗，可帮助治疗晚期基底细胞癌。
总之，基底细胞癌的治疗效果一般较好，可能获得良好预后。
