若基底细胞癌能够早期发现、及时手术治疗，通过手术将病灶切净，则可能实现临床治愈。本病多发生在头面部位，皮损可缓慢增大、侵袭较深，但由于很少发生转移可有边界，多数依赖于手术治疗。

1、莫氏（Mohs）显微描记手术是皮肤科专门针对基底细胞癌的一种术式，目前是国际上公认的一个治疗金标准。其一方面可保证肿瘤能够被切净，提高治愈率；另一方面尽可能保留正常组织，有助于恢复美观、功能。

2、部分可采取扩大切除，甚至放疗。

3、部分真正发生转移或难治性的病例，目前可用一些靶向药物治疗。如针对Hedgehog通路的靶向治疗，可帮助治疗晚期基底细胞癌。