若龟头刺痛流脓，可能为龟头伴尿道海绵体发炎。但龟头部位一般仅发生轻微的炎症，从而出现局部刺痛、红点、红斑等，或包皮垢较多等情况。龟头刺痛流脓的情况在临床上非常少见。

此外，由于龟头连接尿道，而尿道刺痛流脓在临床上比较常见。故日常可能将尿道刺痛流脓误认为龟头刺痛流脓。尿道刺痛流脓最常见由于淋球菌感染尿道，导致淋球菌性尿道炎（淋病）引起。患者常出现尿痛、尿频、尿急、尿道有较多脓液流出等。