复方消化酶胶囊用于治疗食欲缺乏、消化不良，包括腹部不适、嗳气、早饱、餐后腹胀、恶心、排气过多、脂肪便，也可用于胆囊炎和胆结石以及胆囊切除患者的消化不良。但需要注意的是，不是所有人都适合服用复方消化酶胶囊，比如对本品或本品成分有过敏史的患者、急性肝炎患者及胆道完全闭锁患者是禁止服用本品的。过敏体质的患者要在医生的指导下慎用。对于儿童来说，由于每个患儿的病情与体重不同，需要由医生根据孩子身体情况，给出合适的用药剂量，因此儿童一定要在医生的指导下使用本品。
还需要注意的是，在服用复方消化酶胶囊前，若发现其性状发生改变时禁用。在服药过程中，若存在吞咽困难，可将胶囊打开，但一定不可嚼碎其中的小丸。每次服药后，请将本品放在儿童不能接触的地方。另外，服用本品过程中若还需要使用其他药物，请先咨询医生或药师，获得允许后再合用。