羊膜带综合征的病因尚不明确，目前认为是羊膜破裂产生纤维束，缠绕胎儿，导致胎儿发育异常，出现肢体残疾、头颅部畸形等，但羊膜破裂后形成纤维束的原因并不清楚。也有部分人认为羊膜带综合征和遗传因素有关。目前也存在其他学说，但并不十分确切。