电子肠镜检查是否痛苦与检查方法、患者的体型及对疼痛敏感度等有关。

电子结肠镜检查分普通肠镜检查和无痛性肠镜检查。其中普通肠镜检查是在患者清醒状态下进行肠道操作，可能会引起不适感。但不同患者，感觉各异，尤其是当患者比较紧张时，肠道痉挛约严重，或者体型偏瘦、对疼痛比较敏感等，则肠镜检查时可能越痛苦。而体型偏胖者，检查时痛苦可能较小。

如有需求，也可在医生指导下酌情选择无痛性肠镜检查，即先进行麻醉后再检查，则通常不会产生痛苦感觉。