甲母痣的病因目前尚未明确，可能与遗传和环境等因素有关。在环境因素中，紫外线可能对甲母痣的形成有一定的作用。临床上，指（趾）甲外露部位出现的甲母痣可能更多见。

如果黑素细胞在表皮或真皮浅层出现了良性增生，则形成痣。痣也叫做色素痣，如果色素痣长在甲母部位，则叫做甲母痣。甲母痣不能通过任何措施来预防，如果要去掉甲母痣，只能用手术的方法切除。