羊膜腔穿刺术的并发症主要包括疼痛、感染、流产或破水、手术失败等。

1、羊膜腔穿刺术是一种有创检查，受检者在检查过程中可自觉疼痛。但因为操作时只通过皮肤、皮下、肌肉进入宫腔，疼痛通常可以忍受。

2、由于宫腔、阴道可能有一些潜在的感染，进行羊膜腔穿刺术时，则可能出现感染、发烧等。

3、羊膜腔穿刺术作为一种宫腔操作，可能会发生流产、破水等。

4、还可能导致羊膜腔穿刺手术失败。如因胎盘或胎儿位置不佳、羊水量少等，可能造成抽不出羊水；羊膜腔穿刺后，抽取的羊水经实验室培养失败等。

目前认为，若孕妇原本存在出血、先兆流产、宫缩、子宫肌瘤等情况，进行羊膜腔穿刺术时，出现并发症的风险可能稍高。