胃肠间质瘤的病因尚未十分明确，多数可能因c-kit或血小板源性生长因子受体α（PDGFRA）基因活化突变所致。少数有其他类型的基因检测分子改变，如SDHB（琥珀酸脱氢酶B）、BRAF、K-ras等基因突变。

胃肠间质肿瘤是胃肠道最常见的间叶源性肿瘤，生物学行为处于良恶性之间，肿瘤比较小的时候，生物学行为多表现为良性；肿瘤比较大或有恶性潜能时，多表现为恶性。免疫组化检测CD117和DOG-1通常为阳性。