腹股沟肉芽肿治疗首选大环内酯类抗生素，最常用的是阿奇霉素；还可以选择四环素类药物，比如多西环素；也可选择喹诺酮类药物，比如环丙沙星。以上药物皆可治疗本病，通常疗效较好。

腹股沟肉芽肿主要是由于细菌感染所致，属于一个慢性的性传播疾病，治疗时需注意足疗程用药，一般来讲，至少需要治疗三周时间。如果已经出现破溃，则应治疗痊愈后，再考虑停药；如果症状未好转，则应继续治疗。