巨结肠手术，需要切除扩张的巨结肠，最重要的是去除神经节缺失或减少、痉挛的远端肠管。

以成人巨结肠为例，如果直肠、乙状结肠某处的神经节缺失、痉挛，近端的肠管扩张很严重，蠕动功能减弱、消失，就需要把狭窄、痉挛的肠管彻底切除，同时将近端扩张、没有功能的肠管切除，然后将近端健康结肠和远端直肠残端或肛管进行吻合。

如果吻合不牢靠，可以做近端临时造瘘；如果近端肠管包括盲肠完全扩张，可能需要进行全结肠切除，将小肠和直肠残端或肛管进行吻合，可以做临时性造瘘。