部分细菌性结膜炎患者是可以自愈的，但是大部分是不能自愈的。

一般情况下，如果细菌毒力比较低，通常随着机体的抵抗力对细菌的清除，少部分患者是可以逐渐自愈的。

但是大多数情况下，患者都是在眼部抵抗力下降的基础上发生的细菌感染，常见的致病菌像铜绿假单胞杆菌、葡萄球菌、肺炎球菌等，这些细菌都具有比较强的破坏力，会分泌很多毒素、蛋白水解酶等，对角膜、结膜都有比较强的破坏作用。如果不进行积极的治疗，有可能波及角膜，从而造成角膜炎、角膜溃疡，甚至角膜穿孔等严重后果。