部分毛囊萎缩可能会恢复，主要与原因、病情等有关。
1、雄激素性秃发是引起毛囊变小、萎缩的最常见原因，主要与遗传易感性有关。患者头皮毛囊对雄激素敏感，可在雄激素的作用下，逐渐发生微小化的过程。一般应由医生在明确诊断后，采取药物治疗，终止头发微小化的过程，从而恢复正常。
2、斑秃引起的引起毛囊变小，受累区域的所有毛囊均可同步变成微小化，即所有受累区域的毛囊均可萎缩。多需及时就医，在医生的指导下进行有效的治疗和调整。部分患者受累区域较小，毛发可能无需药物治疗则开始生长；而部分斑秃较严重，可能为永久性损伤，治疗效果较差，可能无法恢复正常。
3、瘢痕性脱发者，毛囊逐渐被纤维组织所替代，可完全消失，通常不能再恢复。