肛门闭锁的原因尚未明确。

1、肛门闭锁可能与遗传因素有关，是胚胎发育早期的异常。

2、肛门闭锁还可能与胚胎早期母亲的病毒感染、接触毒性物质、营养不良、放射性损伤等因素有关，可能是多种因素共同作用的结果。

建议孕妇在胚胎早期，不使用不明药物、避免接触射线、不吸烟、不饮酒、定期进行产前筛查，以免发生肛门闭锁。