肛门闭锁手术的最佳时机与病情有关，具体如下：

1、低位的先天性肛门闭锁，如不进行治疗，患儿可于7~10天后死亡，应尽早手术，通过直肠肛门成形术进行治疗。

2、中高位的肛门闭锁，需要及时进行处理，但一期的肛门成形术比较困难，可以先进行近端结肠改道，临时解决患儿饮食问题，待3个月以后再进行手术。

3、合并其他畸形时，需要根据专业医生的判断，选择最佳的手术时机。