由于幽门螺杆菌患者的治疗获益不同，故除菌人群的推荐级别也有差异。

1、有消化性溃疡、胃黏膜相关淋巴组织淋巴瘤（即MALT淋巴瘤）时，必须要清除幽门螺杆菌。

2、下列患者推荐进行除菌，包括慢性胃炎伴胃黏膜萎缩糜烂者、已行胃镜下切除的早期胃肿瘤者、胃癌行胃次全切除手术者、有胃癌家族史者、长期服用质子泵抑制剂或非甾体类抗炎药（包括阿司匹林）、长期不明原因的缺铁性贫血或特发性血小板减小性紫癜者、其他幽门螺杆菌相关性疾病患者（比如合并淋巴细胞性胃炎、合并增生性胃炎、合并Menetrier病）。