黑斑息肉综合征是遗传性疾病，其发病与基因突变有关，最常见的是STK11基因突变。

1、突变的基因可能来自于父母。本病又称家族性黏膜皮肤色素沉着胃肠道息肉综合征，遗传方式为常染色体显性遗传疾病。如果父母患病，携带突变基因，其可将突变基因遗传至下一代，从而导致子女发病。

2、突变的基因也可能来自于自身。部分患者并无家族史，其在在胚胎发育过程中出现STK11基因突变或新生突变，也可致病。