巨结肠的治疗方式主要包括：

1、内科保守治疗：先天巨结肠、成人巨结肠表现不明显时，可先给予灌肠、通便、扩肛、润肠通便药物治疗，保持大便通畅，部分患者可取得较好疗效。

2、外科处理：手术治疗是最常用的方式。先天性巨结肠，可通过腹腔镜微创手术解决病情；成人巨结肠，需要切除狭窄和扩张的肠段，甚至需要进行次全结肠、全结肠切除手术。