直肠神经内分泌肿瘤的诊断主要靠肠镜检查和病理免疫组化检查。

1、直肠神经内分泌肿瘤起病隐匿，早期临床表现不明显，可在做内镜检查时偶然发现。直肠内镜检查可见黏膜表面有黄色或微黄色、质地偏硬的隆起。

2、在内镜的辅助下，将病变切除，并做病理免疫组化检查，确定是否为直肠神经内分泌来源，并判断肿瘤的分级（由低到高依次为G1级、G2级、G3级）和Ki-67增殖指数，从而明确诊断。