怀孕39天阴道流褐色分泌物，可能与生理性因素、病理性因素导致的阴道出血有关，比如不良妊娠结局、先兆流产、生殖系统疾病等。由于阴道是酸性环境，所以血液会变为褐色。
一、生理性因素。若孕妇偶尔出现少量的阴道褐色分泌物，可能因怀孕后激素变化、胚胎着床等，导致的阴道出血，一般出血量较少，而且无腹痛症状。
二、病理性因素。若孕妇阴道褐色分泌物持续存在，可能与下列因素有关：
- 1、不良妊娠结局：孕妇患有宫外孕、胎停育等不良的妊娠结局，可能造成阴道出血。
- 2、先兆流产：部分孕妇出现阴道出血，可能为先兆流产所致，多与黄体功能不良或孕激素水平过低有关。
- 3、生殖系统疾病：某些孕妇患有生殖道炎症（阴道炎、宫颈炎等）、宫颈息肉等生殖系统疾病，也可能造成阴道出血，从而出现褐色分泌物自阴道流出的现象。