肛周炎症要想获得根治，需要彻底治疗肛肠基础疾病，并根据病情采用一般治疗、药物治疗、手术治疗等相结合的综合治疗策略。
1、治疗肛肠疾病。肠炎、肛门括约肌功能不全、肛炎、严重内痔、蛲虫病等疾病，都可能会导致肛周炎症，要先积极治疗原发病，才能防止肛周炎反复发作。
2、一般治疗。如果是中度或者重度肛周炎患者，可以使用生理盐水浸湿软毛巾，轻柔清洗肛周皮肤，减少污物对局部破溃皮肤的刺激。患者要避免搔抓皮肤，洗澡时要避免水温过高，还要多吃新鲜的蔬菜和水果，保持大便通畅。
3、药物治疗。肛周炎可以外涂氧化锌或者激素乳膏治疗。急性期红肿比较明显时，可以局部外用炉甘石洗剂；局部出现较多渗出液时，可以使用3%硼酸溶液湿敷治疗；如果疼痛、瘙痒等症状比较明显，可以使用利多卡因等麻醉性药物，缓解症状。
4、手术治疗。如果肛周炎伴有瘘管，就需要进行手术治疗，如瘘管切开术、挂线疗法等。