慢性鼻窦炎做手术后，大部分能治好，但少部分难以彻底治好或者有复发的可能。
临床上，如果慢性鼻窦炎经药物治疗后无效，或者存在影响窦口鼻道复合体或鼻窦引流的鼻息肉等情况，则医生会考虑进行手术治疗，具体的手术方式主要为鼻内镜鼻窦手术。
1、通常情况下，多数患者在手术后都能痊愈。在手术的过程中，医生会切除患者鼻腔、鼻窦内的不可逆病变，并重建鼻腔、鼻窦的通气引流，缓解症状和促进黏膜腺体以及纤毛功能的恢复，实现治愈。
2、个别情况下，部分患者虽然通过手术缓解了症状，实现了临床治愈，但是其根本诱因并未去除或加以控制，例如没有去除急性上呼吸道感染、疲劳、吸烟、饮酒、辛辣饮食等因素的影响，则术后疾病仍有复发的可能。另外，如果患者伴有哮喘、阿司匹林不耐受、遗传性疾病等情况，则慢性鼻窦炎在手术后也难以痊愈。