直肠的间质瘤是来源于直肠脂肪组织、血管内皮组织等间叶组织的肿瘤，目前病因尚未明了。其发病可能与多种因素有关，例如化学因素、电离辐射、遗传与基因突变因素、病毒感染等。临床研究较多的是基因突变，目前认为该病主要与c-kit基因或PDGFR-α基因的突变有关。这两种基因突变后会刺激酪氨酸激酶不停的活化，导致基因突变不断积累，最终导致直肠间质瘤的发生。