慢性直肠炎的病因目前尚未十分清楚，可能与以下因素有关：

1、慢性直肠炎可由急性直肠炎迁延或反复发作而来，病程在两个月以上。

2、因细菌、霉菌、病毒或原虫等微生物感染所致。

3、可继发于胃酸缺乏、胃大部分切除、肠道寄生虫病之后，还可继发于肛肠肿瘤、肛周炎症（比如脓肿、肛瘘反复不愈）之后。

4、部分还与变态反应有关。

5、还有一种情况是在放射治疗后出现，又称为放射性直肠炎。

6、此外，长期过度疲劳、情绪波动、精神过度紧张、营养不良等因素可诱发慢性直肠炎。