直肠狭窄可能与先天发育不良、炎症、损伤、肿瘤压迫、肌肉痉挛等因素有关。
1、先天性的原因：由于胚胎发育不良，直肠与肛管之间的肛门直肠膜发育异常，出生以后肛膜穿通不全或未消失，形成肛门直肠狭窄甚至闭锁，称之为先天性无肛或先天性肛门闭锁。也可能是骶尾骨发育畸形，压迫肠腔所致。
2、炎症：比如溃疡性结直肠炎、梅毒、克罗恩病、淋巴肉芽肿、肠结核、慢性痢疾、肛周脓肿、复杂性肛瘘、血吸虫肠病等，均可使肛管直肠结缔组织增生、肥厚，形成瘢痕，导致肠管失去弹性，从而造成管腔狭窄。
3、各种损伤：包括外伤、医源性损伤。其中，手术治疗不当（比如内痔黏膜切除过多、外痔皮肤切除过多），硬化剂、坏死剂注射剂量过大或集中在一个平面，直肠癌手术后吻合口狭窄等均属于医源性原因。常见的外伤原因包括高处坠落刺破直肠、异物使肛门括约肌损伤等，一般在创口愈合以后，可形成瘢痕、狭窄。此外，烧伤、烫伤、硫酸的损伤、放疗的损伤等，也可导致直肠狭窄。
4、肿瘤性的病理压迫：最常见的是肛管直肠癌，此外，阴道或子宫肿瘤、前列腺肿瘤、直肠平滑肌瘤、骶骨脊索瘤等，也可引起直肠狭窄。
5、肌肉痉挛：肛门内外括约肌痉挛而引起的狭窄，又称为假性狭窄。
