氟康唑滴眼液适用于治疗白色念珠菌、烟曲霉菌、隐球菌及球孢子菌属等引起的真菌性角膜炎。需要注意的是，不是所有人都可以使用氟康唑滴眼液，比如对氟康唑或三唑类药物（如：伊曲康唑、伏立康唑、拉夫康唑等）过敏的患者禁止使用本品。氟康唑可能会影响到胎儿和乳儿的生长发育，孕妇及哺乳期妇女禁止使用本品。
需要注意的是，重度真菌性角膜炎应以全身抗真菌药治疗为主，本品局部治疗为辅。医生为了明确是否需先进行清创处理，患者就医时要认真配合医生的检查。患者滴眼前要轻摇药瓶，滴眼时瓶口勿接触眼睛，使用后应将瓶盖拧紧，勿使瓶口接触皮肤，以免药液被污染。还有，本品在启用后最多可使用4周，如果患者继续使用，可能会影响疾病的治疗。