扁平湿疣和尖锐湿疣的区别主要在于二者的病因、疾病以及治疗方法不同。

1、病因不同：扁平湿疣是由梅毒螺旋体感染引起的一种表现；而尖锐湿疣的病原体是人乳头瘤病毒（HPV）。

2、疾病不同：扁平湿疣是梅毒发展到二期出现的一种表现；而尖锐湿疣又称性病疣，是一种独立的疾病。

3、治疗方法不同：由于扁平湿疣和尖锐湿疣的病原体不同，所以二者的治疗方法也不一样。扁平湿疣患者需在医生的指导下使用芐星青霉素治疗；而尖锐湿疣患者可应用咪喹莫特、鬼臼毒素、干扰素等药物进行治疗。

扁平湿疣和尖锐湿疣的表现相似，都可能是一个灰白色的皮肤黏膜增殖性皮损，应注意加以鉴别。