小儿清咽颗粒可以起到一定的抗病毒的作用。本品中的连翘对呼吸系统病毒如合胞病毒、腺病毒、柯萨奇病毒、流感病毒以及单纯疱疹病毒等都具有明显的抑制作用，还有，本品中的蒲公英、板蓝根、牛蒡子也有一定的抗病毒作用。
因此在临床上本品也可以用于治疗小儿病毒性感冒、流感、疱疹性咽炎等病毒引起的急性上呼吸道感染疾病。另外，本品还具有解热、消炎、止痛、抗菌、镇静和抗惊厥的作用，对于风热感冒引起的发热，咳嗽音哑，咽喉肿痛等症状有较好的治疗效果。
但是本品药性寒凉，容易腹泻或平时大便稀、大便不成形的孩子应该避免使用本品，以免引起或加重腹泻症状。在服药期间，不宜让孩子食用辛辣、生冷、油腻食物，以免影响药物吸收。若用药3天后，症状不见好转，或出现其他不适，应停止服用，及时就医。