跖疣生长在足部，尤其多见于足底部，走路时经常受到挤压，可能加重病情，因而跖疣的治疗较为困难，临床常用冷冻及外用药物治疗。
1、冷冻疗法：冷冻是最常用的治疗方法，适用于大多患者，对病变部位进行冷冻后，局部的皮肤坏死、结痂，甚至起水疱，待结痂脱落后，疣体也可随之脱落，达到治疗目的。
2、外用药物治疗：部分患者在冷冻多次后，效果均不明显，可能需要给予外用药物治疗。比如应用某些水晶膏，因其含有强碱或酸性物质，可通过腐蚀作用治疗跖疣，但用药后过于疼痛，目前已很少应用。还有一些药物，如咪喹莫特、维A酸等，可提高局部免疫力，也可用于治疗跖疣。此外，某些中草药也可治疗跖疣，但起效较慢。除此之外，因脚部角质层比较厚，故建议在上药前进行适当修理，以达到理想效果。
3、其他：激光治疗、外科手术等方法，虽然也能治跖疣，但比较痛苦，故临床应用较少。
