胃肠道间质瘤的治疗方法包括手术治疗和靶向药物治疗。

1、手术治疗是胃肠道间质瘤的主要治疗方法，包括开腹手术、腹腔镜手术、胃肠镜手术等。术后可以根据病理检查的结果，评估患者的风险程度是高危、中危还是低危，从而判断下一步的治疗方法。如果是低危的胃肠道间质瘤，手术后不需要药物治疗；如果是中高危的胃肠道间质瘤，手术后还需要进行药物治疗。

2、靶向药物治疗包括一线药物伊马替尼）、二线药物（舒尼替尼）、三线药物（瑞戈非尼），应根据患者的基因突变情况选择合适的靶向药物。

胃肠道间质瘤应根据肿瘤的大小、部位等，选择合适的治疗方案。胃肠道间质瘤如果小于一公分（长在胃部的胃肠道间质瘤小于两公分），基本都是良性的，通常不需要特殊处理。随着肿瘤的生长，其恶性程度也会增加，可能成为潜在恶性的胃肠道间质瘤，需要采取手术或药物治疗。