自身免疫性肝炎通常需要进行免疫抑制治疗。
伴转氨酶明显升高的自身免疫性肝炎最重要、最有效的治疗措施为免疫抑制治疗，即激素联合免疫抑制剂治疗。常用的激素类药物如泼尼松、泼尼松龙、甲泼尼龙；常用的免疫抑制剂如硫唑嘌呤，这两类药物联合应用，通常可取得较好的疗效。
由于自身免疫性肝炎的治疗方案较复杂，故一定要选择专业的医院就诊，由肝病科医生或消化科医生，制定详细的治疗方案。此外，本病的治疗过程一般较长，至少需要2~4年，待肝功能、免疫球蛋白正常，肝脏穿刺检查也基本正常时，再考虑停药，复发的几率会比较小。不可单纯依靠肝功能检查结果，确定停药时机，以免疾病复发，甚至造成严重的后果。