复方胃蛋白酶颗粒经过适量的温水冲泡后，患者可以直接口服。以规格为每袋含胃蛋白酶100单位、维生素B10.5mg、山楂300mg的复方胃蛋白酶颗粒为例，成人一次2袋，一日3次；5岁以下小儿一次1袋；5岁以上儿童同成人量，一日3次。儿童必须在成人监护下服用复方胃蛋白酶颗粒，以避免服用过量的本品，尽量减少不良反应的发生几率。
患者服用本品前应仔细阅读说明书，学习和了解药物的不良反应等，避免出现严重用药风险。如果正在使用其他药品，使用本品前请咨询医生或药师。当本品的性状发生改变时，如变色、变味等，禁止服用。
食物可能降低胃内的胃酸浓度，不利于本品中的胃蛋白酶发挥作用。因此，患者最好在餐前30分钟服用本品。患者每次服用完毕后请将本品放在儿童接触不到的地方，以防儿童误服。用药期间注意监测药物不良反应，任何严重、持续或进展性情况均须及时与医生沟通。