不建议患者自行合用脾肾两助丸与六味地黄丸。
从组成方面来讲，两药不存在“十八反”、“十九畏”等中药配伍禁忌，合用一般不会出现明显的毒副作用。但两药组成有较多的重合部分，可能会使得方中的君臣佐使配伍原则不分明，治疗效果可能也会出现偏差。
从功效方面来讲，脾肾两助丸适用于脾肾两虚者，此时患者除了有肾虚表现外，还具有肢体倦怠、无力、不思饮食、胃脘满闷等脾虚表现，而六味地黄丸又为滋补肾阴的药物，此时再合用，不仅不易消化、吸收，还可能妨碍脾胃功能，进一步导致脾虚。
但由于中医的辨证比较复杂，临床上患者的病情也多种多样，所以如果专业医师根据您的具体情况，为您同时开具了脾肾两助丸、六味地黄丸，也可以按照医嘱服用。用药期间，注意观察自身的表现，如果出现其他明显的症状，应及时与医师沟通。