防风通圣丸的疗程通常在7天到30天之间，对于有些病症如肥胖症甚至可以多达3-6个月。
对于治疗不同的疾病，本品的用药疗效都不尽相同。但需要注意的是，患者不可自行长期用药。用药疗程需要医生根据患者病情的发展情况、用药敏感性、耐受性等因素综合考虑后制定，患者一定要谨遵医嘱用药。
另外，在用药阶段，建议患者定期去医院复诊，以便医生能及时调整剂量或指导停药，减少本品对身体的不良影响，如对胃肠的刺激等。同时不宜食用辛辣、油腻、鱼虾海鲜类食物及烟酒制品，还要避免同服人参、大枣、鹿茸等温补性中药，以免影响治疗效果。
若出现任何严重、持续、或进展性的症状，应及时咨询医生。本品与其他药物可能会发生相互作用，患者若需要联合用药，也应咨询医生，以降低联合用药风险。