胃肠道间质瘤手术后营养不良的原因主要包括：

1、手术影响：如果胃肠道间质瘤体积较大，做了胃切除手术、小肠切除手术等，由于手术创伤较大，手术后就可能出现体重下降、营养不良的情况。手术的部位也与营养不良有一定关系，比如全胃切除手术患者发生营养不良的几率最大，而胃部分切除手术患者的风险相对低，恢复情况较好。

2、营养补充不足：患者术后进食不佳、胃肠道功能恢复较差，均可能导致营养不良的发生。

3、并发症：小肠间质瘤手术后发生肠梗阻等并发症，也可能会增加营养不良发生的几率。建议患者手术后进流食、半流食，一段时间后再恢复普食。